Doctorado en Bioinformática

University of Tehran, Kish International Campus

Descripción del programa

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Doctorado en Bioinformática

University of Tehran, Kish International Campus

Introducción

La bioinformática es una ciencia interdisciplinaria en las interfaces de las ciencias biológicas, informativas y computacionales, utiliza el cálculo para comprender mejor la biología. La bioinformática implica el análisis de datos biológicos, particularmente ADN, ARN y secuencias de proteínas. El campo de la bioinformática experimentó un crecimiento explosivo a partir de mediados de la década de 1990, impulsado en gran medida por el Proyecto del Genoma Humano y por los rápidos avances en la tecnología de secuenciación del ADN. Las tecnologías recientes y novedosas producen conjuntos de datos biológicos de resolución cada vez mayor que revelan no solo las secuencias genómicas sino también las abundancias de ARN y proteínas, sus interacciones entre sí, su localización subcelular y la identidad y abundancia de otras moléculas biológicas. Esto requiere el desarrollo y la aplicación de métodos computacionales sofisticados. La bioinformática utiliza enfoques computacionales para analizar patrones en datos biológicos y para crear modelos complejos de actividad biológica, incluidos los intentos de dilucidar las funciones de los genes y sus interacciones en las Pathways genéticas. Se esperan beneficios sociales generalizados a partir de la explotación de la riqueza de los nuevos conocimientos sobre los mecanismos genéticos de la vida y los procesos relacionados.

Los análisis en bioinformática se centran predominantemente en tres tipos de grandes conjuntos de datos disponibles en biología molecular: estructuras macromoleculares, secuencias del genoma y los resultados de experimentos de genómica funcional (por ejemplo, datos de expresión). La información adicional incluye el texto de artículos científicos y "datos de relación" de Pathways metabólicas, árboles de taxonomía y redes de interacción proteína-proteína. La bioinformática emplea una amplia gama de técnicas computacionales que incluyen alineamiento secuencial y estructural, diseño de bases de datos y minería de datos, geometría macromolecular, construcción de árboles filogenéticos, predicción de estructura y función de proteínas, hallazgo de genes y agrupamiento de datos de expresión. El énfasis está en los enfoques que integran una variedad de métodos computacionales y fuentes de datos heterogéneas.

El principal objetivo del programa de doctorado en Bioinformática en el campus internacional de Kish es formar a la próxima generación de biólogos computacionales para carreras en la academia, la industria y el gobierno.

Plan de estudios de doctorado

El doctorado en Bioinformática requiere la finalización de 32 créditos, un conjunto de cursos básicos (9 créditos), un seminario (1 crédito) y 8 créditos de cursos electivos y una tesis doctoral (18 créditos). El énfasis principal del programa está en la finalización con éxito de un proyecto de investigación original e independiente escrito y defendido como disertación.

Examen comprensivo

El examen completo debe tomarse como máximo al final del cuarto semestre y se requiere antes de que un estudiante pueda defender la propuesta de doctorado. Los estudiantes tendrán dos oportunidades para aprobar el examen completo de doctorado. Si los estudiantes reciben una evaluación de "insatisfactorio" en su primer intento de examen integral, el estudiante puede volver a tomar el calificador una vez. Una segunda falla dará como resultado la terminación del programa. El examen completo está diseñado para garantizar que el alumno comience temprano a obtener experiencia en investigación; también asegura que el alumno tenga el potencial de realizar una investigación de nivel de doctorado.

PROPUESTA DE PhD

La propuesta de doctorado debe contener Objetivos Específicos, Diseño y Métodos de Investigación, y Trabajo Propuesto y Cronología. Además, la propuesta también debe contener una bibliografía y, como adjuntos, cualquier publicación / material complementario. El estudiante debe defender su propuesta de tesis ante su comité en un examen oral.

TESIS

Un estudiante debe elegir un asesor de tesis (y uno o dos coasesores si es necesario) dentro del primer año de estar en el programa de doctorado, aprobado por el comité de la facultad. En el segundo año, un comité de tesis sugerido por el asesor junto con la propuesta de doctorado debe ser entregado para su aprobación. El comité de tesis debe consistir en un mínimo de cinco miembros de la facultad. Dos miembros del comité de tesis deben ser de las otras Universidades en el nivel de Profesor Asociado. A más tardar al final del quinto semestre, un estudiante debe presentar y defender una propuesta escrita de doctorado.

PROGRESO DE LA INVESTIGACIÓN

Se espera que un estudiante se reúna con su comité de tesis por lo menos una vez al año para revisar el progreso de la investigación. Al comienzo de cada año calendario de la universidad, se requiere que cada estudiante y el asesor del alumno presenten una evaluación del progreso del alumno, que describa los logros del año anterior y los planes para el año en curso. El comité de tesis revisa estos resúmenes y envía al alumno una carta que resume su estado en el programa. Se espera que los estudiantes que no logren un progreso satisfactorio corrijan cualquier deficiencia y pasen al próximo hito dentro de un año. De lo contrario, se despedirá del programa.

DISERTACIÓN DOCTORAL

Dentro de 4 años después de ingresar al programa de doctorado, se espera que el estudiante complete la investigación de tesis; el estudiante debe tener los resultados de la investigación aceptados o publicados en revistas revisadas por pares. Al presentar una tesis escrita y la defensa pública y la aprobación del comité, el estudiante obtiene el doctorado. La defensa consistirá en (1) una presentación de la disertación por parte del estudiante graduado, (2) interrogatorio por parte de la audiencia general y (3) interrogatorio a puertas cerradas por el comité de disertación. El estudiante será informado del resultado del examen al completar las tres partes de la defensa de tesis. Todos los miembros del comité deben firmar el informe final del comité de doctorado y la versión final de la disertación.

Se debe mantener un GPA mínimo de 16 sobre 20 para la graduación.

Cursos de nivelación (no aplicable al grado)

El doctorado en Bioinformática asume una maestría en campos relacionados. Sin embargo, los estudiantes que posean cualquier otro título de maestría además deberán completar algunos de los siguientes cursos de nivelación que están diseñados para proporcionar un fondo para los cursos de doctorado. Estos cursos de nivelación no cuentan para el crédito de posgrado para el doctorado en Bioinformática.

Cursos de nivelación: como máximo 3 cursos requeridos; 6 créditos

Cursos básicos: 4 cursos requeridos; 10 créditos

Cursos electivos: 4 cursos requeridos, 8 créditos

Descripción del curso

Bioinformática avanzada

Contenido del curso:
Introducción a la Bioinformática, Introducción a la Biología Molecular, Bases de Datos Biológicas, Procesamiento de Secuencias Biológicas con MATLAB, Homología de Secuencias, Alineaciones de Proteínas, Alineación de Secuencias Múltiples, Herramientas de Alineación, Métodos Biolingüísticos, Modelos de Secuencia, Modelos de Patrones Subsecuentes, Modelos Genéticos, Introducción a la Reconstrucción Filogenética, Distancia Basados ​​en caracteres, métodos basados ​​en caracteres: parsimonia, métodos probabilísticos: máxima verosimilitud, micromatrices, Matlab

Algoritmos en bioinformática

Contenido del curso:
Introducción a la biología molecular, similitud de secuencias, árbol de sufijos, alineación del genoma, búsqueda de bases de datos, alineación de secuencias múltiples, reconstrucción de filogenia, comparación de filogenia, reordenamiento del genoma, hallazgo de motivo, predicción de estructura secundaria de ARN, secuenciación de péptidos, genómica de población

Bioinformática estructural

Contenido del curso:
Restringir el modelado molecular, Definir bioinformática y estructural, Fundamentos de la estructura de proteínas, Búsqueda y muestreo en estructural, Métodos de búsqueda, Análisis y reducción de datos, Visualización molecular

Genómica computacional

Contenido del curso:
Introducción, Conceptos de Epidemiología Genética, Integración de Análisis de Enlace y Datos de Secuenciación de Próxima Generación, Mapeo QTL de Rasgos Moleculares para Estudios de Enfermedades Complejas Humanas, Interés Renovado en Haplotipo de Marcador Genético a Predicción de Genes, Enfoques Analíticos para Datos de Secuencia de Exoma, Análisis de Variantes Raras en individuos no relacionados, duplicación de genes y consecuencias funcionales, desde GWAS a la secuenciación de próxima generación en enfermedades complejas humanas Las implicaciones para la medicina traslacional y la terapéutica

Modelado metabólico

Contenido del curso:
Ingeniería de metabolones sintéticos desde el modelado metabólico hasta el diseño racional de dispositivos biosintéticos, ¿construcción de esteroles sintéticos que desbloquean computacionalmente los secretos de la evolución? Características del transporte de sacarosa a través de sacarosa Específicas Porin ScrY estudiadas por simulaciones de dinámica molecular, Fast Solver para electrostática implícita de biomoléculas, modelo de diseño de microreactores bioquímicos, sustentación de la biología del almidón con estudios in vitro sobre enzimas carbohidratos activos y glucosatermas biosintéticos, compartimentación y transporte en vesículas sintéticas, estándares metabólicos y modelos metabólicos para la biología sintética en plantas. ¿Las predicciones son consistentes con la evidencia experimental? , Optimización de la producción de ingeniería del precursor de la glucorafanina Dihomometionina en Nicotiana benthamiana, péptidos sintéticos como proteínas miméticas, andamios de proteínas sintéticas basadas en motivos peptídicos y dominios adaptadores cognados para mejorar la productividad metabólica, ingeniería de Pathways metabólicas mediante canales de enzimas artificiales

Modelado en biología de sistemas

Contenido del curso:
Fundamentos biológicos, Fundamentos del modelado matemático, Calibración del modelo y diseño experimental, Modelado de procesos celulares, Conversión enzimática, Procesos de polimerización, Transducción de señales y Sistemas genéticamente regulados, Análisis de módulos y motivos, Métodos generales de análisis de modelos, Aspectos de la teoría del control, Motivos en Redes Celulares, Análisis de Redes Celulares, Ingeniería Metabólica, Características Topológicas

Minería de datos avanzada

Contenido del curso:
Introducción a la Minería de Datos en Bioinformática, Puntuación de Perfiles Jerárquicos y Aplicaciones en Métodos y Prácticas Bioinformáticas de Combinación de Sistemas de Puntuación Múltiples, Visualización de Secuencias de ADN, Proteómica con Espectrometría de Masas, Análisis Eficiente y Robusto de Grandes Conjuntos de Datos Filogenéticos, Aspectos Algorítmicos de Enhebrado de Proteínas, Diferenciaciones de Patrones y Formulaciones para datos genómicos heterogéneos, técnicas de agrupamiento parameterless para análisis de expresión génica, selección de genes discriminante conjunta para la clasificación molecular de cáncer, un sistema de análisis de haplotipos para genes Descubrimiento de enfermedades comunes, un marco bayesiano para mejorar la precisión de clústeres de secuencias de proteínas

Aprendizaje automático

Contenido del curso:
Por qué estamos interesados ​​en el aprendizaje automático, estadísticas de aprendizaje automático y análisis de datos, reconocimiento de patrones, redes neuronales y aprendizaje profundo, grupos de aprendizaje y recomendaciones, aprender a tomar medidas, ¿a dónde vamos desde aquí?

Diseño de medicamentos asistido por computadora

Contenido del curso:
Enfoques mecánicos mecánicos y mecánicos cuánticos, sistemas de metales de transición, modelado de interacciones proteína-proteína por cuerpo rígido, modelado basado en QM, estado actual y futuro
Esta institución educativa ofrece programas en:
  • Inglés


Última actualización March 27, 2018
Duración y Precio
Este curso es En campus
Start Date
Fecha de inicio
sept. 2018
Duration
Duración
Tiempo Parcial
Tiempo completo
Price
Precio
Information
Deadline
Locations
Iran - Teherán, Teherán
Fecha de inicio : sept. 2018
Fecha límite de inscripción Contacto
Fecha de finalización Contacto
Dates
sept. 2018
Iran - Teherán, Teherán
Fecha límite de inscripción Contacto
Fecha de finalización Contacto